Dem BAES obliegen hoheitliche Aufgaben in der Zulassung von Saatgut, Pflanzensorten, Pflanzenschutzmitteln, Düngemitteln und Betrieben, die Futtermittel in Verkehr bringen. Der Prozess der Zulassung erfolgt immer in enger Zusammenarbeit mit der AGES GmbH und basiert auf Expertengutachten und rechtlichen Prüfungen.