Das BAES übernimmt hoheitliche Aufgaben in der Zertifizierung von Saat- und Pflanzgut sowie von Prüfeinrichtungen gemäß Chemikaliengesetz 1996. Die Entscheidungsfindung erfolgt hierbei immer in enger Zusammenarbeit mit der AGES GmbH und basiert auf Expertengutachten und rechtlichen Prüfungen.